存在于现代另一侧的祸野，是异形的怪物“污秽”栖息之地。将其祓除并保护人类的，则是阴阳师。拥有才能却拒绝成为阴阳师的焰魔堂辘轳，在神的谕示下获得了被授予阴阳师夫妇的“双星”之称号。同样成为双星的化野红绪，是以祓除全部污秽为理想的少女。在身为双星而被卷入战斗的同时，将一心希望变强而持续战斗的红绪一直看在眼里的辘轳，也开始正视自己从“雏月之悲剧”以来不断逃离战斗的那份软弱。在红绪的刺激下，辘轳直面自己一直逃避的过去，并决定再次以阴阳师的身份战斗，两人共同以“双星之阴阳师”的身份，向强大的污秽发起挑战！